学校成立于1960年,前身是1953年成立的昆明中医进修学校,1960年云南中医学院正式挂牌成立,是全国第二批成立的高等中医药本科院校,1986年获硕士学位授予权,2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校,2018年成为博士学位授予单位,同年更名为云南中医药大学,成为国家中医药临床研究基地。学校秉承“崇德和合、博学敦行”的校训精神,已发展成为以中医药为主体、民族医药为特色,以本科教育为基础,研究生教育规模不断扩大,继续教育和对外教育呈现良好态势,医、理、工、管多学科协调发展的综合性中医药院校。有25个本科专业,现有纸本藏书110余万册,是国家教育信息化试点单位。学校现有呈贡和白塔(含和平村)两个校区,总占地面积778.78 亩,总建筑面积33.42 万平方米。截至2023年2月3日,学校有全日制学生1.5万余人。60余年来,几代名医名家倾囊相授,潜心育人,培养了8.9万名中医药专门人才。